Do celého tohoto složitého systému kostní geneze a trvalé přestavby mohou na různých úrovních působit rozličné patologické zevní a vnitřní faktory. Pokud postihnou některý ze základních systémů (genetický, neurální, vaskulární, metabolický, hormonální), vznikají vady systémové (viz příslušná kapitola). Pokud působí semifaktorálně (úrazy, záněty, nádory), individuálně postihují příslušné části skeletu dle věkového období, v němž se manifestují (pozánětlivé a poúrazové snížení či zánik růstové aktivity fýzy, osteosklerózy, osteonekrózy, osteolýzy, poúrazové pseudoartrózy).